组学

基因组学的图示。
通稱"Omicum"的愛沙尼亞生物中心大樓,位于爱沙尼亚塔尔图,乃愛沙尼亞基因組中心塔尔图大学分子及細胞生物學院所在

组学(英語:omics)又称生物组学[1],在生物学中,是从个体角度对各类研究对象(一般为生物分子)的集合,进行系统性研究的学问[2]。这些研究对象的集合称为“”。

组学的研究范围包括:机体内一整套特定的分子结构和功能、生物过程,以及其相互关系等。目前有基因组学蛋白质组学代谢物组学代谢物组学、脂质组学、糖组学等,而组学即这些学科的总称。

组学的宗旨是:对“转化为有机体的结构、功能和动力学的生物分子池(pools of biological molecules)”,进行集体表征量化[3][4]

在英语中,“组”以 -ome 作为后缀,而“组学”以 -omics 作为后缀。例如,基因组学(genomics)是系统性研究生物体基因组(genome)中各种基因(gene)以及它们之间的相互关系的学科。

功能基因组学(functional genomics)旨在鉴定给定生物体中尽可能多的基因的功能。它将不同的组学技术例如转录组学(transcriptomics)和蛋白质组学(proteomics)与饱和突变体集合相结合[5]

由于细胞内各种生物分子在时间和空间上是存在相互联系的,单纯研究某一生物分子常无法全面解释所面临的研究问题。因此,现今已进入多组学(multi-omics)联用时代,也就是通过基因组、蛋白组、代谢组等多维手段,描述生物生理病理模型的整体架构,以提供解决问题的新思路。

组学研究的种类

基因组学

  • 基因组学 :研究生物体的基因组
    • 认知基因组学: 研究与遗传特征相关的认知过程的变化。
    • 比较基因组学: 研究不同生物物种或菌株之间基因组结构和功能的关系。
    • 功能基因组学: 描述基因和蛋白质的功能和相互作用(通常使用转录组学)。
    • 元基因组学: 研究宏基因组,即直接从环境样本中回收的遗传物质。
    • 个体基因组学: 基因组学的一个分支,涉及个体基因组的测序和分析。 一旦知道了基因型,就可以将个体的基因型与已发表的文献进行比较,以确定性状表达和疾病风险的可能性。 有助于个性化医疗。
    • 神经基因组学:研究遗传对神经系统发育和功能的影响。
    • 泛基因组学: 对特定物种中发现的全部基因或基因组的研究。

表观基因组学

表观基因组是基因组的支撑结构,包括蛋白质和 RNA 结合物、替代 DNA 结构以及 DNA 上的化学修饰。

蛋白质组学

脂类组是细胞脂类的完整补充,包括对由生物体或系统产生的一组特定脂质所做的修饰。

  • 脂类组学:脂类通路和网络的大规模研究。 使用质谱技术。

糖组学是对糖组的综合研究,例如,糖和碳水化合物。

转录组学

营养、药理、毒理

  • 食品组学
  • 营养基因组学
  • 药物基因组学
  • 药物微生物组学
  • 毒理基因组学

其他

美国国家海洋和大气管理局科学家使用微生物组学研究海洋生态系统。
  • 行为遗传学
  • 连接组学:研究连接组,即大脑中所有神经连接的总和。
  • 相互作用组学
  • 神经分析基因组学
  • 干细胞基因组学
  • 细胞组学:使用生物成像方法和生物信息学进行定量细胞分析和研究。
  • 微生物组学:研究生活在特定环境生态位中的微生物群落的基因组。

参考文献

  1. ^ 中国大百科全书总编委会 (编). 生物组学需要付费订阅. 中国大百科全书. 第三版网络版. 北京: 中国大百科全书出版社. 
  2. ^ 组学. 术语在线. 全国科学技术名词审定委员会.  (简体中文)
  3. ^ 存档副本. [2023-01-31]. (原始内容存档于2023-05-21). 
  4. ^ Subedi, Prabal; Moertl, Simone; Azimzadeh, Omid. Omics in Radiation Biology: Surprised but Not Disappointed. Radiation. 2022, 2: 124–129. doi:10.3390/radiation2010009可免费查阅. 
  5. ^ Holtorf, Hauke; Guitton, Marie-Christine; Reski, Ralf. Plant functional genomics. Naturwissenschaften. 2002, 89 (6): 235–249. Bibcode:2002NW.....89..235H. PMID 12146788. S2CID 7768096. doi:10.1007/s00114-002-0321-3. 
  6. ^ Tashiro, Satoshi; Lanctôt, Christian. The International Nucleome Consortium. Nucleus. 2015-03-04, 6 (2): 89–92. PMC 4615172可免费查阅. PMID 25738524. doi:10.1080/19491034.2015.1022703. 
  7. ^ Cremer, Thomas; Cremer, Marion; Hübner, Barbara; Strickfaden, Hilmar; Smeets, Daniel; Popken, Jens; Sterr, Michael; Markaki, Yolanda; Rippe, Karsten. The 4D nucleome: Evidence for a dynamic nuclear landscape based on co-aligned active and inactive nuclear compartments. FEBS Letters. 2015-10-07, 589 (20PartA): 2931–2943. ISSN 1873-3468. PMID 26028501. S2CID 10254118. doi:10.1016/j.febslet.2015.05.037可免费查阅 (英语). 

延伸阅读

参见